Po II wojnie światowej Dolna Saksonia stała się głównym obszarem osiedleńczym dla milionów uchodźców i wypędzonych z historycznych terenów kolonizacji niemieckiej na wschód od Odry i Nysy
W latach 50. XX w. w regionie Lüneburga osiedliło się tak wielu przybyszów z Prus Wschodnich, że utarło się nawet powiedzenie o „małych Prusach Wschodnich w Puszczy Lüneburskiej”. Pozbawieni dawnej ojczyzny i środków do życia, wypędzeni żyli w ciężkich warunkach, rozpoczynając nowy życiowy start, a jednocześnie starając się o zachowanie swojej wschodniopruskiej tożsamości kulturowej.
W 1958 r. z inicjatywy urodzonego w 1906 r. w Tylży inspektora leśnego Hansa-Ludwiga Loeffke oraz innych Wschodnioprusaków powstało Wschodniopruskie Muzeum Łowiectwa, które znalazło swoją siedzibę w dawnym domu handlowym przy Starym Żurawiu w Lüneburgu. Główna tematykę muzeum stanowiła przyroda: dzikie zwierzęta, lasy i konie Prus Wschodnich.
Jednak już rok później muzeum padło ofiarą podpalenia. Wybitny pisarz Siegfried Lenz upamiętnił pożar pewnego mazurskiego muzeum regionalnego w powieści „Muzeum ziemi ojczystej” z 1978 roku. Jednak inaczej niż w książce, pożar w lüneburskim muzeum nie był wywołany celowo. Mimo to szkody były tak znaczne, że z pożogi uratowano tylko pojedyncze eksponaty.
W 1964 r., po zgromadzeniu nowej kolekcji, ponownie otwarto muzeum w budynku przy Salzstraße 26. Inicjatywę wsparło miasto i powiat Lüneburg, a także kraj związkowy Dolna Saksonia i rząd Republiki Federalnej Niemiec.
1974 umiera Hans-Ludwig Loeffke. Kierownictwo muzeum obejmuje Horst Albinus, podobnie jak poprzednik sprawujący tę funkcję nieodpłatnie, w ramach pracy społecznej.
1981 następuje rozszerzenie programu i misji muzeum, przemianowanego na „Wschodniopruskie Muzeum Łowiectwa i Krajoznawstwa”. Tym samym muzeum antycypowało wypracowaną w 1982 r. koncepcję rządu federalnego „o kontynuacji pracy kulturowej na rzecz dawnego niemieckiego Wschodu”, która przewidywała „utworzenie muzeów krajowych wielkich regionów niemieckiego Wschodu”.
1985 dr Friedrich Jacobs, historyk sztuki, obejmuje etat kierownika muzeum i opracowuje całościową koncepcję muzealną we współpracy z trzema innymi naukowcami, pracującymi z początku na umowach czasowych. Program ten był przewidziany dla nowego budynku, który od dwóch lat powstawał na parceli przy Ritterstr. 10. Architektem jest inż. Richard Westrén-Doll, pochodzący z rodu Niemców nadbałtyckich.
1987 Otwarcie nowego budynku muzeum o powierzchni wystawienniczej 3 000 m2, z jeszcze nieukończoną wtedy wystawą stałą. Działalność muzealnicza jest od tej chwili zabezpieczona instytucjonalnym wsparciem rządu Republiki Federalnej Niemiec i kraju związkowego Dolnej Saksonii na mocy tzw. paragrafu kulturowego §96 BVFG (Ustawy o wypędzonych). Dzięki temu w muzeum utworzone zostają etaty dla naukowców, a instytucja podlega profesjonalizacji.
1990 dr Anja Benscheidt, etnografka, zostaje nową dyrektorką
1991 dr Ronny Kabus, historyk, obejmuje stanowisko dyrektora
1994 patronat nad muzeum przejmuje Fundacja Kultury Prus Wschodnich, przedtem zarejestrowana jako „Stowarzyszenie Muzeum Łowiectwa i Krajoznawstwa Prus Wschodnich”
2005 dr Jörn Barfod, historyk sztuki i dotychczasowy wicedyrektor, obejmuje zarząd komisaryczny nad placówką
2009 dr Joachim Mähnert, historyk, zostaje powołany na dyrektora muzeum po kilkuletnim wakacie na tym stanowisku
2010 do muzeum włączono sąsiadujące Lüneburskie Muzeum Browaru / Lüneburger Brauereimuseum.
2014-2018 modernizacja i rozbudowa Krajowego Muzeum Prus Wschodnich. Dołączono nowy Dział Niemców Nadbałtyckich, którego tematyka i celowość zostaje odpowiednio ujęta w nowo sformułowanej misji Fundacji.
Tzw. „Scharffsches Haus”, czyli dom rodziny Scharffów – kamienica mieszczańska i browar z 1472 r. – staje się nowym budynkiem recepcyjnym, mieszczącym kawiarnię muzealną oraz biura administracji na wyższych piętrach. Tym samym główne wejście do muzeum przenosi się bliżej centrum Starego Miasta, na ulicę Świętego Ducha (Heiligengeiststraße).
Na wewnętrznym dziedzińcu powstaje nowy budynek z funkcją foyer i sal ekspozycyjnych. Do opracowania koncepcji architektonicznej udało się pozyskać renomowane biuro Gregor Sunder-Plassmann.
2018 otwarto dla publiczności całkowicie zmodernizowaną wystawę stałą. Na powierzchni 2 000 m2 i trzech poziomach powstała dynamiczna, nowoczesna ekspozycja, zapraszająca do aktywności i współdziałania, skierowana do rodzin i turystów. W miarę możliwości zaprezentowano na niej w sposób kompleksowy fascynującą historię kultury i jedyny w swoim rodzaju krajobraz przyrodniczy Prus Wschodnich, a oprócz tego stworzono osobny Dział Niemców Nadbałtyckich oraz obszerny moduł poświęcony losom niemieckich uchodźców i wypędzonych po 1945 roku. Koncepcję wystawienniczą opracowało biuro Homan Güner Blum Visuelle Kommunikation.
Jesteśmy ogromnie wdzięczni naszym sponsorom za wsparcie finansowe modernizacji muzeum w latach 2014-2018.
W przyszłości, do 2024 r., na niezabudowanej jeszcze części parceli powstanie muzeum poświęcone Immanuelowi Kantowi w Królewcu, jak też epoce niemieckiego Oświecenia.
